Secondo numerosi studiosi, Folegandros prese il suo nome da Folegandros, figlio del re di Creta Minosse, siccome l’isola era un rifugio per coloro che lasciavano Creta perseguitati. Tale idea è supportata dal ritrovamento di monete antiche emesse dal comune locale, portanti l’immagine del principe Cretese. Però, secondo un’altra ipotesi, il suo nome si deve ai Fenici, e significa “terra rocciosa” un termine che rispecchia la morfologia dell’isola.
La storia di Folegandros risale alla preistoria. I Cari, venuti dall’Asia Minore furono i suoi primi abitanti, seguiti dai Cretesi l’isola con il principe Folegandros. Dopo i Cretesi vennero i Dori, la presenza dei quali è testimoniata da una serie di iscrizioni trovate qui. Questo è probabilmente uno dei motivi principali per cui Folegandros non ha partecipato alla prima alleanza ateniese nel 478 a.C.