Σύμφωνα με αρκετούς μελετητές η Φολέγανδρος πήρε το όνομά της από το Φολέγανδρο, γιο του βασιλιά της Κρήτης Μίνωα. Ο ισχυρισμός των ιστορικών υποστηρίζεται από την ανακάλυψη αρχαίων νομισμάτων που εκδόθηκαν από τον τοπικό δήμο, αποκαλύπτοντας την εικόνα της Φολέγανδρου με σφραγίδα στα νομίσματα. Η Φολέγανδρος υπήρξε και καταφύγιο όσων έφευγαν κυνηγημένοι από την Κρήτη. Υπάρχει βέβαια άλλη μία εκδοχή για την ονομασία του νησιού. Σύμφωνα με αυτή την εκδοχή η ονομασία του νησιού είναι αποτέλεσμα των διελεύσεων των Φοινίκων που σημαίνει πέτρινη γη και αποδίδει ακριβώς τη μορφολογία του νησιού.
Η ιστορία της Φολέγανδρου ξεκινά από τους Προϊστορικούς χρόνους. Οι Κάρες από τη Μικρά Ασία ήταν οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού. Στη συνέχεια ήρθαν οι Κρητικοί που κυβέρνησαν το νησί με τον αυτοκράτορα Φολέγανδρο στο τιμόνι. Μετά τους Κρητικούς, ήταν η σειρά των Δωριέων να ακολουθήσουν. Οι αρχαιολόγοι έχουν βρει αποδείξεις για αυτό με επιγραφές που ανακαλύφθηκαν από εδώ. Αυτός είναι ίσως ένας από τους κύριους λόγους για τους οποίους η Φολέγανδρος δεν συμμετείχε στην 1η Αθηναϊκή Συμμαχία που πραγματοποιήθηκε το 478 π.Χ.